Dua tahun kemudian, Goku kembali ke Bumi di mana ia dihadapkan oleh Trunks, putra setengah-Saiyan dari Vegeta dan Bulma dari masa depan. Super Saiyan remaja itu baru saja membunuh Mecha-Frieza dan ayahnya, King Cold, beberapa saat sebelum kedatangan Goku. Trunks kemudian menguji kekuatan Super Saiyan Goku dalam pertempuran dengan menyerangnya dengan marah menggunakan pedangnya, yang dihindari oleh Goku beberapa kali dengan satu jari (meskipun diisi dengan energi), mengklaim bahwa ia tahu Trunks tidak akan menggunakan kekuatan penuhnya.
Puas, Trunks memberikan Goku obat untuk virus jantung yang akan ia idap dalam satu atau dua tahun, memberitahunya untuk menggunakannya ketika ia mulai merasakan efek virus. Trunks masa depan juga memperingatkannya tentang dua android yang akan mengancam Bumi dalam tiga tahun. Goku, Gohan, dan Piccolo kemudian menghabiskan tiga tahun berikutnya berlatih untuk ancaman baru ini. Namun, kunjungan Trunks masa depan entah bagaimana mengubah permulaan virus, sehingga tidak muncul selama tiga tahun itu (enam bulan sebelum kedatangan para Android). Karena tidak melihat gunanya menggunakan obat ketika tidak ada yang salah dengannya, Goku berhenti meminumnya.
“Kau mungkin berpikir kau tahu segalanya tentangku… tapi sungguh, kau bahkan tidak dekat.”
— Goku kepada Android 20 dan Android 19 dalam episode “A Handy Trick”
Tiga tahun kemudian, dua android, Android 20 dan Android 19, muncul dan menyerang sebuah kota. Para Z Fighters menghadapi mereka, dan Yamcha adalah yang pertama diserang, setelah ditusuk oleh tangan Dr. Gero dan energinya dicuri. Namun, ia diselamatkan dengan menggunakan Senzu Bean, dan para Z Fighters memimpin kedua mesin pembunuh itu keluar dari kota untuk bertarung. Meskipun menjadi Super Saiyan, Goku dikalahkan oleh Android 19 ketika ia mulai melemah secara drastis dari penyakit jantung yang ia diperingatkan, yang mulai bermanifestasi selama pertarungan. Namun, Vegeta, yang sekarang juga seorang Super Saiyan, berhasil menyelamatkan Goku sebelum ia bisa dikalahkan oleh para android, dan, setelah bermain-main dengannya sebentar, menghancurkan Android 19 dengan mudah, sangat menikmati pertempuran.
Yamcha membawa Goku ke Chi-Chi untuk mendapatkan obat yang akan menyelamatkan nyawanya dari virus pembunuh. Sementara itu, sisa Z Fighters mengetahui dari Trunks, yang telah kembali untuk membantu mereka melawan para android, bahwa sejarah entah bagaimana telah diubah, dan bahwa android di masanya, Android 17 Masa Depan dan Android 18 Masa Depan, bukanlah yang mereka lawan. Segera setelah itu, Dr. Gero menyatakan ia akan melepaskan Android 17 dan 18, dan ia melarikan diri dari medan perang. Mereka mencoba menghentikan Dr. Gero mengaktifkannya tetapi gagal. Namun, begitu Dr. Gero mengaktifkan 17 dan 18, mereka terungkap sebagai tidak patuh dan membunuhnya, dan mengaktifkan android lain, Android 16, juga, yang semata-mata diciptakan untuk menjadi pembunuh Goku.
Sementara para Z-Fighters mencoba dan gagal menghentikan para android, Piccolo (yang baru-baru ini bergabung dengan Kami) menemukan ancaman baru bernama Cell, bentuk kehidupan biologis besar yang diciptakan oleh Dr. Gero, dibuat dengan DNA yang diambil dari Goku, sekutunya, dan musuh yang mereka lawan di masa lalu. Cell dirancang untuk menyerap Android 17 dan 18 untuk mencapai keadaan sempurna, membunuh Goku, dan menaklukkan kosmos.
Cell memburu para android dan menyerap Android 17, berubah menjadi tahap keduanya. Sementara itu, Goku pulih dari penyakitnya dan membawa Gohan, Vegeta, dan Trunks Masa Depan ke Hyperbolic Time Chamber di Lookout Kami untuk mendapatkan satu tahun pelatihan dalam satu hari di bawah gravitasi yang berat dan suhu yang sangat tidak stabil. Vegeta dan Trunks Masa Depan masuk lebih dulu, meninggalkan Goku dan Gohan menunggu di luar Time Chamber.
Ketika Cell bersiap untuk menghabisi Tien atas intervensinya yang membantu Android 18 melarikan diri, Goku campur tangan dengan berteleportasi ke lokasi mereka menggunakan Instant Transmission, bertemu Cell untuk pertama kalinya. Menatap monster itu, Goku menyatakan bahwa meskipun ia belum cukup kuat, ia hanya membutuhkan satu hari lagi untuk menjadi cukup kuat untuk mengalahkannya. Cell menertawakan ini, tetapi Goku menghentikan konfrontasi mereka setelah merasakan bahwa Tien hampir tidak hidup. Menggunakan Instant Transmission, Goku berteleportasi ke Tien, membawanya ke tepi pulau setelah juga merasakan energi Piccolo yang samar. Cell bingung dengan teknik baru Goku, dan meskipun mencoba menyerang trio sebelum mereka bisa melarikan diri, ia tidak dapat menghentikan Goku menggunakan Instant Transmission untuk kembali ke The Lookout bersama teman-temannya. Kembali di Lookout, Goku memberi teman-temannya Senzu Bean agar mereka pulih. Setelah itu, Vegeta dan Trunks Masa Depan keluar dari Time Chamber, dan Bulma tiba untuk memasok para Saiyan dengan Battle Armor baru. Dengan Vegeta dan Trunks Masa Depan melangkah masuk untuk melawan Cell, Goku dan Gohan memasuki Time Chamber.
Pertama, Goku membantu putranya mendapatkan Super Saiyan, setelah menyadari hibrida setengah-Saiyan seperti Trunks bisa berubah. Kemudian, Goku juga menemukan Super Saiyan Second Grade, serta Super Saiyan Third Grade. Gohan percaya Goku mampu mengalahkan Cell dengan kekuatan bentuk itu, tetapi Goku dengan cepat mengenali kekurangannya dan menjelaskannya kepada Gohan – kecepatan Super Saiyan Third Grade mengalami penurunan besar, dan konsumsi ki bentuk itu sangat tidak efisien. Sebaliknya, Goku menyadari bahwa bentuk Super Saiyan standar memiliki keseimbangan terbaik. Dengan mengkondisikan diri mereka untuk itu seolah-olah itu adalah bentuk dasar mereka, Goku dan Gohan menjadi tidak peka terhadap efek negatif transformasi, secara drastis meningkatkan kekuatan mereka sambil mengurangi konsumsi ki sebagai hasilnya.
Namun, Goku juga menemukan bahwa Gohan memiliki potensi untuk dengan mudah melampauinya, terutama setelah Gohan tanpa sadar berhasil masuk ke tingkat Super Saiyan yang belum pernah terjadi sebelumnya sebelum kehilangan kesadaran selama sesi pelatihan. Goku menyadari bahwa jika ia tidak bisa mengalahkan Cell, Gohan akan melakukannya.
Sementara Goku berlatih, Cell menyerap Android 18 dan mencapai bentuk sempurnanya berkat minat Vegeta untuk melawan Cell pada puncaknya. Kesalahan Vegeta merugikannya mahal dan ia mudah dikalahkan oleh Cell, seperti halnya Trunks Masa Depan, yang gagal karena bentuk Super Saiyan Third Grade barunya memiliki terlalu banyak massa otot untuk memukul Cell cukup cepat, sebuah cacat yang Goku perhatikan di dalam bilik.
Cell mengumumkan rencananya untuk mengadakan Cell Games dalam sepuluh hari lagi, untuk memberikan kesempatan kepada siapapun yang ingin menantangnya. Goku dan Gohan keluar dari Time Chamber, mengejutkan semua orang dengan keadaan Super Saiyan mereka yang luar biasa tenang. Goku berteleportasi ke arena Cell untuk mengukurnya, menyadari bahwa Cell masih melampauinya dalam kekuatan, kemudian berkorespondensi dengan Korin untuk lebih membandingkan tingkat kekuatan mereka, dan Korin setuju dengan perbandingannya. Namun, Goku masih percaya pada kemampuan Gohan, jadi ia tetap percaya diri dan menolak sesi pelatihan kedua di dalam Time Chamber, yang sangat mengejutkan yang lain. Sebaliknya, ia memilih untuk menggunakan sepuluh hari menjelang Cell Games untuk bersantai dengan Gohan sambil mempertahankan bentuk Super Saiyan mereka sepanjang waktu.
Setelah Cell secara brutal menggagalkan upaya Militer Bumi untuk mengalahkannya, Goku mempertimbangkan kemungkinan memulihkan Dragon Ball Bumi. Karena Piccolo tidak dapat berpisah kembali menjadi dua bagiannya untuk memulihkan Kami dan Dragon Ball, Goku memutuskan untuk mencari Namek Baru dengan harapan membawa kembali seorang sukarelawan, dan melakukan perjalanan ke planet King Kai untuk mendapatkan bantuan mencari planet asal Namekian. Ia juga menunjukkan sedikit kekhawatiran ketika King Kai menyebutkan bahwa Goku selalu terjebak di tengah-tengah ancaman Bumi. Goku akhirnya mencapai Namek Baru dan berhasil merekrut Dende sebagai penjaga Bumi yang baru, sesuai saran Moori. Setelah Dende menciptakan Dragon Ball baru berdasarkan yang lama, Goku mencari Dragon Ball yang diaktifkan kembali itu untuk menggunakannya setelah mereka mengalahkan Cell untuk memperbaiki semua yang telah dibuat salah oleh Cell.
Setelah sepuluh hari berlalu, para Z Fighters menuju ke Cell Games. Setelah orang yang seharusnya terkuat di Bumi, Mr. Satan, mudah dikalahkan, Goku menawarkan diri untuk menjadi Z Fighter pertama yang melawan Cell. Mengetahui ia jauh di bawah kemampuan sejati Cell, ia memutuskan untuk bertarung lebih dulu untuk menguji bio-Android, serta memberi Gohan kesempatan untuk mengamati gerakan Cell. Meskipun masih dalam posisi yang tidak menguntungkan, Goku bertarung sengit dengan Perfect Cell yang sangat ditekan, menghasilkan Cell mengungkapkan beberapa tekniknya, serta tingkat penyembuhannya setelah Instant Kamehameha Goku dari jarak dekat (kombinasi dari Instant Transmission dan Kamehameha) menghancurkan bagian atas Perfect Cell dan ia masih bisa beregenerasi sepenuhnya. Setelah lelah dan kelelahan, Goku memutuskan untuk menyerah dan menyerahkan pertempuran kepada Gohan, yang ia yakini memiliki kekuatan tersembunyi yang diperlukan untuk mengalahkan Cell.
Gohan kemudian menyatakan bahwa Goku menahan diri, hanya untuk mengetahui bahwa ia tidak melakukannya, mengarah pada kesimpulan bahwa Gohan mungkin lebih kuat dari Goku, yang bertarung dengan kekuatan penuh. Yang mengejutkan para Z Fighters, Goku melempar Senzu Bean ke Cell agar pertarungan tetap adil, meskipun Goku terus menunjukkan kepercayaan diri pada Gohan yang mampu mengalahkan Cell. Gohan kemudian meningkatkan kekuatan ke titik di mana energinya melampaui bahkan Goku, dan bertarung dengan Cell, tetapi dengan setengah hati. Setelah Gohan memberi tahu Cell bahwa ketika ia marah, ia menjadi jauh lebih kuat, Cell mulai penasaran dan mencoba memaksa kekuatan batin Gohan keluar darinya dengan menyiksanya.
Piccolo memberi tahu Goku bahwa ia membuat kesalahan kunci dengan strateginya – Gohan tidak berbagi kecintaannya pada pertempuran, dan menderita rasa sakit yang hebat alih-alih memunculkan kemarahannya. Tergerak untuk melindungi putranya, Goku meminta Senzu Bean dari Krillin, tetapi Cell merebut tas itu dari Krillin. Android 16 campur tangan dengan mencoba meledakkan dirinya pada Cell, tetapi gagal karena pelepasan bomnya dan hancur berantakan. Untuk lebih memaksa Gohan untuk marah, Cell melahirkan anak-anaknya, Cell Juniors, dan menyerang mereka pada Goku dan para Z Fighters yang sedang menonton. Saat ia dan teman-temannya dipukuli oleh Cell Juniors, Goku yang kelelahan meminta maaf atas tindakannya, karena telah menyeret mereka ke dalam pertempuran yang menyakitkan.
Saat itu, Mr. Satan membawa kepala Android 16 ke Gohan, di mana Android 16 memberi tahu Gohan untuk berhenti menahan diri, dan bahwa bertarung diperlukan untuk melawan monster seperti Cell yang tidak bisa diajak berunding. Ketika Cell menghancurkan kepala Android 16, Gohan akhirnya lepas kendali dan mengungkapkan wujud Super Saiyan 2 yang sempat dilihat Goku kembali di Time Chamber. Kekuatan baru Gohan secara kasar melampaui Perfect Cell, bahkan setelah raksasa itu memutuskan untuk melepaskan Kekuatan Penuh yang mengguncang bumi dan bentuk Power Weighted yang lebih kuat, yang dengan mudah diatasi oleh Gohan.
Namun, arogansi Gohan melonjak, dan ia memilih untuk membuat Cell lebih menderita alih-alih menghabisinya, meskipun Goku memperingatkan bahwa Cell mungkin menggunakan beberapa teknik yang tidak diketahui karena keputusasaan. Gohan memukuli Cell dengan brutal, bahkan memaksanya untuk memuntahkan Android 18 karena kerusakan yang ia derita.
“Lepaskan Gohan! Lepaskan Semuanya! Ingat semua rasa sakit yang ia sebabkan, orang-orang yang ia sakiti… SEKARANG JADIKAN ITU KEKUATANMU!!!”
— Goku mendorong Gohan untuk mengalahkan Cell dalam episode “Save the World”
Sekarang dalam bentuk keduanya yang berkurang, Cell tiba-tiba menjadi raksasa yang kembung, bersiap untuk meledakkan diri di tempat dan membawa seluruh Bumi bersamanya. Mengingat peringatan Goku, Gohan hancur karena sifatnya yang panas telah menandatangani nasib para Z Fighters dan jatuh berlutut dalam keputusasaan.
Menyadari satu-satunya cara ia bisa menyelamatkan teman-temannya, Goku mengucapkan selamat tinggal mendadak kepada mereka sebelum berteleportasi ke Cell, memegang tangan di tubuhnya sebelum berbalik ke Gohan. Goku memberi tahu Gohan bahwa ia bangga padanya, mendorongnya untuk terus belajar dan menjaga Chi-Chi, meminta maaf bahwa ia tidak akan pulang kali ini sebelum akhirnya mengucapkan selamat tinggal kepadanya. Tepat sebelum Cell bisa meledakkan diri, Goku mendeportasi mereka berdua ke Planet King Kai, yang membuat King Kai kecewa. Ledakan yang terjadi melenyapkan planet, dan Goku, King Kai, Bubbles, dan Gregory bersamanya.
Namun, yang membuat Goku ngeri, Cell selamat dari ledakan dirinya sendiri, sebuah trik yang belum pernah terjadi sebelumnya bahkan bagi Cell sendiri. Dengan pengetahuan baru tentang Instant Transmission dan kebangkitan Super Saiyan 2 miliknya sendiri, “Super Perfect Cell” kembali ke Bumi untuk menghabisi para Z Fighters. Meskipun Gohan putus asa, Goku menjangkau dia dari alam di luar orang hidup, memotivasinya untuk mengambil sikap dan meluncurkan Father-Son Kamehameha untuk menghentikan Solar Kamehameha Cell.
Goku terus memotivasi Gohan selama Pertarungan Energi, akhirnya mengarah pada kemenangan Gohan dan kehancuran total Cell. Setelah kekalahan Cell, Goku bersikeras bahwa ia harus tetap mati, meskipun mereka bisa menghidupkannya kembali, karena ia telah menarik terlalu banyak masalah ke Bumi, seperti Frieza dan Android Pita Merah. Goku memutuskan akan lebih aman bagi Bumi jika ia tidak kembali, dan Bumi memiliki Gohan untuk melindunginya jika diperlukan.https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/8/8b/GokuSSvsFutureTrunksSSEp122.png,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/b/b8/GokuAndGohanTalkingToChiChi.png,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/c/c4/GokuVsAndroid19Ep128.png,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/1/17/GokuAndGohanHTCnv.png,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/7/7f/GokuAscendedSuperSaiyanAndGo.jpeg,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/3/3d/GokuFullPowerSuperSaiyanVsCellK.png,https://static.wikia.nocookie.net/dragonball/images/1/1a/Gokudead.jpg
